L’apparition du village est contemporaine de la période de conquête du royaume des Burgondes par les Francs. Selon les archéologues, les Francs auraient déplacé une famille de nobles germaniques, avec sa suite, pour l’implanter dans ce domaine afin d’asseoir leur domination. À l’époque, le bourg de Pontarlier était un lieu de passage stratégique pour relier le sud au nord de l’Europe. « C’était la route à surveiller et à contrôler à tout prix », précise M. Gazenbeek. Des traces de cabanes permettant de stocker les aliments, les animaux ou diverses activités, ainsi que 74 tombes disséminées dans le village ont aussi été découvertes lors des fouilles.
Les objets présents dans les tombes – épées, éperons, bijoux – montrent que les personnes qui habitaient ce village avaient un certain « statut social », souligne Michiel Gazenbeek. La découverte d’amas de milliers d’ossements d’animaux, essentiellement des boeufs et des chevaux, a permis d’établir la présence d’une boucherie d’au moins 600 m2. Pour l’archéologue, cette zone d’abattage « permet de déterminer quels animaux ils ont tué et quelle était l’économie d’élevage pratiquée ». Les fouilles, prescrites par l’État, ont par ailleurs dévoilé une occupation mésolithique du lieu, datant de 10 000 à 6 000 avant Jésus-Christ et correspondant à la dernière période des chasseurs-cueilleurs d’Europe.